Lima puluh tahun yang lalu, raksasa cahaya luar bumi yang dikenal sebagai Ultraman menyelamatkan bumi tetapi menghilang. Tuan rumah manusia Ultraman, Shin Hayata, ditinggalkan tanpa ingatan tentang waktunya sebagai pahlawan. Putra muda Hayata, Shinjirou, ditemukan telah lahir dengan tubuh yang lebih kuat dan tahan lama daripada manusia normal mana pun. Organisasi yang membantu Ultraman, SSSP, mengungkapkan masa lalu Hayata kepadanya. Ayahnya kemudian mengenakan setelan kekuatan lagi, dengan asumsi peran Ultraman sekali lagi.
Suatu malam, Shinjirou diserang oleh alien bernama Bemular dan diselamatkan oleh ayahnya, yang terluka parah dalam pertempuran. Dengan alien berbahaya mengintai di kota dan Hayata keluar dari komisi, itu jatuh ke Shinjirou untuk mengambil obor. Tetapi dalam bekerja dengan SSSP sebagai Ultraman baru, Shinjirou mendapati dirinya bertanya-tanya seberapa jauh dia bersedia membantu orang.
